然而,现在的IS将精力放在了任天堂便携机上,并在Game Boy Advance(以下简称GBA)上发售一些极受欢迎的游戏。《马力欧赛车:超级赛道》(Mario Kart: Super Circuit), 《银河战士融合》(Metroid Fusion—)与《银河战士:零度任务》(Metroid: Zero Mission) 仅仅是其中一部分,而当《进化战争》(Advance Wars)发售的时候,任天堂开始确信战略类游戏能够在美国获得成功。这个差点被任天堂撤出市场的游戏于9月11号在美国发售。幸运的是,他们没有,但这个游戏在欧洲延期了数月,而且没有在日本发售。由于“9.11”与微乎其微的市场宣传,《进化战争》最初步履艰难。但随着关于游戏的讨论逐渐增多,销量也随之上升,《进化战争》终于成为了任天堂数个意料之外的畅销作品之一。这也使任天堂下定决心让IS制作续集,但这还不足以使他们确信能够让IS在日本之外发售FE的下一作。在任天堂看来,这个游戏对美国玩家而言太难了,但他们也希望IS能降低下一代FE作品的难度以便打入美国市场。FE系列的第七部作品终于在2003年11月第一次登陆美利坚。尽管这个系列如今并没有多大名气,但它实际上是任天堂最受欢迎的代表作之一。
1990年4月20日,任天堂在日本推出了系列的始祖之作《火焰纹章:暗黑龙与光之剑》(Fire Emblem: Dark Dragon and Sword of Light)。它世嘉的《光明力量》(Shining Force)早两年,比班普雷斯特(Banpresto)的《超级机器人大战》(Super Robot Taisen)早一年,成为了第一款主流SRPG游戏。FE颇具特色的战略系统与《家庭战争》相似,即根据双方的攻防数值自动进行战斗,但Banpestro的战斗侧重单人作战,而《家庭战争》则以集团作战为基础。两个游戏最大的区别在于《家庭战争》建造部队并将他们送去当炮灰,而FE要集合同伴并象RPG那样增加他们的等级。FE系列另外一大特色就是在于,一旦同伴死亡则会是真的死去。游戏中没有诸如93年发售的《皇家骑士团》(Ogre Battle)系列中那样的复活型角色。更精彩的是过场画面会根据角色生存情况的不同而改变,有时如果一名同伴已经死去,就看不到某些情节。这也就促使想在通关时集齐所有角色的日本玩家制定出了一些严谨的战略方法。
任天堂的老牌系列作品似乎都会有一作与众不同。《超级马力欧兄弟2》(Super Mario Bros. 2,注2)与塞尔达传说(Legend of Zelda)的第二作均与系列的其它作品大相径庭。《大金刚3》(Donkey Kong 3)也与以前的大金刚游戏规则不同,以杀虫剂与飞虫取代了猩猩与木桶。FE的第二作就是整个系列中的异类作品。《火焰纹章外传》(Fire Emblem Gaiden,以下简称《外传》)于1992年3月14日发售,比世嘉MegaDrive游戏机的《光明力量》(Shining Force)初次登场早一个星期。《外传》的销量甚至比原作还要高,但是正如马力欧与塞尔达的第二作一样,也引起了系列爱好者的争论。
任天堂在1990年11月推出了超级任天堂主机,但依然在旧主机上推出了包括了《火焰纹章外传》在内的游戏作品。在《外传》之后,Intelligent Systems着手开发其第一款SFC的FE作品,名称为《火焰纹章:纹章之谜》(Fire Emblem: Mystery of the Emblem,以下简称《纹章之谜》)。任天堂希望他们恢复原来的游戏模式,所以这款游戏不仅去掉了《外传》中的RPG探索模式,吸收了原作中的众多角色,甚至还收录了一个原作的改良版本。1994年1月21日,火焰纹章在超级任天堂亮相,如系列作品一样,大获成功。
在SFC上诞生了许多优秀游戏系列中的最经典作品。《大金刚王国》(Donkey Kong Country)、 《最终幻想6》(Final Fantasy 6)、 《时空之旅》(Chrono Trigger)与《塞尔达传说:众神的三角力量 》(The Legend of Zelda: A Link to the Past)。第四款FE作品《火焰纹章:圣战系谱》(Fire Emblem: Genealogy of the Holy War,以下简称《圣战系谱》)被公认为是系列中最出色的作品。这也是横井军平参与的最后一个游戏。《圣战系谱》于1996年5月15日发售,也保持了任天堂每两年发售一部火焰纹章作品的传统。每款FE作品在日本的销量都很高,圣战系谱并不例外。
《圣战系谱》与任天堂的新主机Nintendo 64(以下简称N64)是同一年发售的,于是大多数人都猜测FE的下一作会出现在N64上,但实际情况却并不是这样。因为某些原因,任天堂决定于1999年9月SFC而不是N64上推出《火焰纹章:多拉基亚776》(Fire Emblem: Thracia 776,以下简称《776》)。任天堂并没有以标准的卡带形式发售这款游戏,而是启动了让玩家购买空白卡带,然后在日本的Lawson连锁店下载SFC游戏的计划。只有为数不多的几款搭载了特殊芯片的游戏无法通过此系统工作,如《星际火狐》(Star Fox)和《超级马力欧世界2》(Super Mario World 2)。这些被称作“超级任天堂力量”(Super Famicom Nintendo Power)的卡带使任天堂能够载卡带停产后的相当长一段时间内继续贩卖游戏,这项服务一直到2002年末才结束。不过,这并没有使《776》达到很高的销量,所以在2000年1月,任天堂又推出了卡带版,这使其成为了超级任天堂上的最后一款游戏,但也非常不幸地成为了FE游戏销量最差的一款。这并不是说游戏质量有问题,而是因为其在不恰当的时机发售在了不恰当的平台上。